Bij de oprichting van het CMO in 2004 werden de volgende doelstellingen geformuleerd:

- Het fungeren als aanspreekpunt en gesprekspartner voor de Nederlandse overheid en van maatschappelijke instellingen, met name over onderwerpen die betrekking hebben op de integratie, emancipatie en belangenbehartiging van moslims in Nederland;

- Het zowel op verzoek van de overheid als op eigen initiatief voeren van overleg met alle relevante instellingen en instanties inzake structurele alsmede incidentele en actuele aangelegenheden, die betrekking hebben op de islam en moslims in Nederland, om te komen tot een gemeenschappelijke standpunt in het kader van het overleg met de overheid;

- Het treffen van relevante voorzieningen op landelijk, provinciaal en plaatselijke niveau;

- Het bevorderen van religieuze en geestelijke ontplooiing en

- Het bevorderen van religie als bron van sociale cohesie en burgerschap in de democratische rechtsstaat